Das Projektgebiet erstreckt sich über eine Fläche von rund 426 km² im Landkreis Main-Spessart, Regierungsbezirk Unterfranken. Es umfasst die steil ansteigenden Remlingen-Urspringer Hochflächen (durch Muschelkalk geprägter Teil der Marktheidenfelder Platte) zwischen dem westlichen und östlichen Schenkel des Main-Dreiecks.

Verbunden über einen schmalen Korridor im Maintal bei Karlstadt setzt sich das Projektgebiet auf der Wern-Lauer-Platte bis zur östlichen Landkreisgrenze fort, wobei die Wern mit ihren Auen und Nebenbächen miteingeschlossen ist. Außerdem wurde der Bocksberg (ein aufgelassener Steinbruch mit wertvollen Magerrasen und Felsfluren) westlich des Maindreiecks bei Rettersheim in die Projektkulisse mit aufgenommen.

Naturschutzgebiete, Natura 2000-Gebiete (europäische Schutzgebiete) und geschützte Landschaftsbestandteile machen zusammengenommen knapp 7% des Projektgebietes aus.

Das Leitbild für das Projektgebiet orientiert sich an entsprechenden Aussagen im Bayerischen Arten- und Biotopschutzprogramm (ABSP) des Landkreises Main-Spessart sowie den Erhaltungszielen der Natura 2000-Gebiete.

Als Schwerpunktgebiete des BNN-Projekts sind verschiedene Flächen mit besonderem Entwicklungspotential für den Naturschutz gekennzeichnet.